Przed omówieniem możliwych metod logowania do KSeF należy zrozumieć, że każda z metod oparta jest o wcześniejszą Weryfikację Tożsamości. Weryfikacja tożsamości to usługa dotycząca osoby fizycznej. Konto KSeF może dotyczyć osoby prawnej reprezentowanej przez osobę (lub osoby fizyczne) i co wówczas? W takiej sytuacji z pomocą przychodzi Pieczęć Kwalifikowana lub konieczność złożenia formularza ZAW-FA.

Osoby fizyczne (właściciele JDG, księgowi czy pracownicy) mogą logować się m.in. kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub Profilem Zaufanym, a od 1.02.2026 także specjalnym certyfikatem KSeF. Profil Zaufany jest wygodny i bezpłatny, lecz dostępny tylko w oficjalnych aplikacjach MF (np. Aplikacja Podatnika) – w systemach ERP i programach księgowych nadal potrzebny jest podpis kwalifikowany lub token. Od 14.02.2026 uruchomione zostało logowanie przez węzeł krajowy (mObywatel/e-Dowód), jednak i tutaj podmiotowi (firmie) rekomenduje się potwierdzić tożsamość za pomocą kwalifikowanej pieczęci elektronicznej z NIP-em.

Poniżej fakty, które mogą pomóc przy podjęciu właściwej decyzji…

• Logowanie do KSeF e-dowodem można uprościć wykorzystując czytnik NFC do e-dowodu.
• Logowanie do KSeF Podpisem Kwalifikowanym jest możliwe dla JDG tj. działalności na osobę fizyczną.
  • Wyrobienie Podpisu Kwalifikowanego przez Internet
  • Wyrobienie Podpisu Kwalifikowanego poprzez spotkanie bezpośrednie
• Logowanie do KSeF Pieczęcią Kwalifikowaną jest rekomendowaną metodą dla Spółek i Organizacji (osób prawnych i spółek cywilnych).
  • Wyrobienie Pieczęci Kwalifikowanej za pomocą Podpisu Kwalifikowanego
  • Wyrobienie Pieczęci Kwalifikowanej poprzez spotkanie bezpośrednie
  • Wyrobienie Pieczęci Kwalifikowanej za pomocą Videoweryfikacji
• Logowanie do KseF Pieczęcią Kwalifikowaną umożliwia wygenerowanie wielu Certyfikatów KSeF (a nie tylko 2).
• Logowanie za pomocą formularza ZAW-FA poprzez otrzymany Token zgodnie z planami Ministerstwa będzie dostępne tylko do końca 2026r.
• Logowanie do KSeF za pomocą “dostawców trzecich” np. Banków, może być awaryjne, a Ty jako przedsiębiorca potrzebujesz niezawodnego rozwiązania.
• Logowanie do KSeF za pomocą Pieczęci Kwalifikowanej przez obcokrajowców nie będących w Polsce – może być jedyną metodą uzyskania dostępu.
• Logowanie do KSeF Profilem Zaufanym jest możliwe dla JDG tj. działalności na osobę fizyczną, ale zależy od zewnętrznego rozwiązania “dostawcy trzeciego”, a Ty jako przedsiębiorca potrzebujesz niezawodnego rozwiązania.
• Integracja KSeF z Twoim systemem do faktur wymaga:
  • wygenerowania Tokenu dostępowego (będzie działać tylko do końca 2026r.)
  • wygenerowania dwóch (2) certyfikatów KSeF po to, aby podłączyć jeden system informatyczny:
    • AUTH – certyfikat do autoryzacji i komunikacji Online
    • ENCODING/OFFLINE – certyfikat podpisujący przesyłane dane w trybie Offline lub Offline24
• Jeżeli potrzebujesz więcej niż jednego systemu zintegrowanego z KSeF (np. Twój system do wystawiania faktur i system Twojej księgowości do odbierania faktur) – pozostaje użycie Pieczęci Kwalifikowanej w celu wygenerowania wielu Certyfikatów KSeF lub w jednym z przypadków użycie Tokenu. Pamiętaj, że Token będzie dostępny tylko do końca 2026r.
• Certyfikat KSeF to nie to samo co Certyfikat Pieczęci Kwalifikowanej lub Certyfikat Kwalifikowanego Podpisu Elektronicznego. Certyfikat KSeF może zostać stworzony za pomocą Pieczęci lub Podpisu Kwalifikowanego.
• Certyfikat KSeF jest przypisany do osoby fizycznej w przypadku jego wygenerowania na podstawie Podpisu Kwalifikowanego, Profilu Zaufanego, e-Dowodu lub innego środka uwierzytelniającego którym posługuje się osoba fizyczna. W tej sytuacji Certyfikat KSeF zawiera PESEL tej osoby lub w sytuacjach, gdy Certyfikat Kwalifikowany nie zawiera numeru PESEL tzw. Odcisk Palca (Fingerprint).
• Certyfikat KSeF jest przypisany do osoby prawnej w przypadku jego wygenerowania na podstawie Pieczęci Kwalifikowanej. W tej sytuacji Certyfikat KSeF zawiera NIP podmiotu. Jest to nasza preferowana opcja.
• Złożenie wniosku ZAW-FA powoduje blokadę dostępu do KSeF.
• Pieczęć Kwalifikowana jest najwygodniejszą formą przypisywania uprawnień do KSeF bez blokady KSeF.
• Nigdy nie zapisuj w formie pliku, wiadomości mail lub innej Tokenu KSeF. Aplikacja Podatnika 2.0 generuje certyfikat w taki sposób, aby skopiować jego treść do schowka (pamięci podręcznej CTRL+C) i wkleić do integrowanego oprogramowania. 
• Kradzież dostępu do KSeF jest dla Ciebie bardzo niebezpieczna. Umożliwia wystawienie faktur w Twoim imieniu np. z błędnym numerem konta bankowego. Pamiętaj, że Ty za to odpowiadasz.
• Certyfikat KSeF jest bezpieczniejszą formą dostępu do KSeF niż Token z punktu widzenia technicznego. Z punktu widzenia organizacyjnego Token jest uznawany za bardziej bezpieczny. Zdania ekspertów są w tym wypadku podzielone. Według naszej oceny prawidłowe zarządzanie dostępem za pomocą Pieczęci Kwalifikowanej i podział uprawnień na użytkowników daje najlepszy poziom bezpieczeństwa.
• Certyfikat KSeF poza Plikiem Certyfikatu posiada plik Klucza Prywatnego podpisującego i szyfrującego komunikaty bazując na najbardziej bezpiecznych funkcjach kryptograficznych jakie do tej pory zostały stworzone. Token jest po prostu ciągiem znaków.
• Do Tokenu możesz przypisać uprawnienia np. tylko do odczytu faktur lub tylko do wystawiania faktur.
• Do Certyfikatu KSeF nie możesz przypisać uprawnień. Certyfikat KSeF jest skojarzony z użytkownikiem, który wystawił żądanie wydania certyfikatu (CSR Certificate Signing Request). W związku z tym Certyfikat KSeF posiada taki poziom uprawnień jakim aktualnie dysponuje pracownik lub Ty. W większości JDG właściciel wystawia Certyfikat KSeF i integruje systemy co przy nieprawidłowym zarządzaniu Kluczem Prywatnym może podnieść poziom ryzyka naruszenia dostępu do KSeF.
• Najlepszą metodą uzyskania Certyfikatu KSeF jest wykorzystanie wbudowanego w Twoją aplikację modułu do enrollmentu certyfikatu. Zapytaj o tę funkcję swojego dostawcę oprogramowania do faktur (systemu ERP). Zapytaj swojego dostawcę oprogramowania, czy dodatkowo szyfruje Klucz Prywatny.
• Nie zapisuj Certyfikatu KSef oraz Klucza Prywatnego, a w szczególności nie zapisuj ich w tym samym miejscu, na tym samym nośniku/komputerze. To tak jak trzymać kartę bankową z naklejonym PIN.

Profil Zaufany i e-Dowód – ograniczenia

Profil Zaufany (PZ) jest prosty w obsłudze, ale działa tylko w oficjalnych systemach państwowych.
Jeśli więc fakturowanie prowadzone jest z poziomu zewnętrznego programu (ERP/księgowego), PZ nie wystarczy – potrzebny będzie kwalifikowany podpis lub certyfikat. Z kolei logowanie e-Dowodem dostępne jest od 14.02.2026r.

ZAW-FA – procedura biurokratyczna

Jeżeli firma nie korzysta od początku z kwalifikowanej e-pieczęci, musi złożyć w US formularz ZAW-FA, wskazujący osobę do obsługi KSeF. Dopóki ZAW-FA nie zostanie rozpatrzone, logowanie i praca w KSeF są ograniczone. Ten proces może trwać (w zależności od formy złożenia) od kilku dni do tygodni, a każdy nowy sygnatariusz wymaga osobnego zgłoszenia. Posiadając kwalifikowaną e-pieczęć albo certyfikat KSeF od razu uzyskujesz pełne, właścicielskie prawa dostępu – bez wizyty w urzędzie. Dzięki temu można też swobodnie zarządzać uprawnieniami pracowników wewnątrz panelu KSeF, bez kolejnych ZAW-FA.

Główne zalety certyfikatu kwalifikowanego

• Natychmiastowa gotowość: certyfikat kwalifikowany (podpis lub pieczęć) działa od razu, bez konieczności oczekiwania na rozpatrzenie przez US.
• Najwyższe bezpieczeństwo: certyfikaty te są wydawane przez zaufanych dostawców i obsługiwane przez bezpieczne urządzenia QSCD. Klucze prywatne są przechowywane w zabezpieczonym module, co zapewnia pełną ochronę podpisu/pieczęci.
• Automatyzacja integracji: logowanie kwalifikowanym certyfikatem pozwala na bezpośrednią komunikację z API KSeF. Dzięki temu system księgowy może samodzielnie wystawiać i przesyłać faktury e‑faktur do KSeF.
• Pełne zarządzanie dostępami: każda zmiana osób uprawnionych do fakturowania odbywa się elektronicznie w systemie KSeF. Nie trzeba ponownie składać ZAW-FA przy zmianie kadry – wystarczy nadać lub odebrać uprawnienia w aplikacji KSeF.
• Cyfrowa tożsamość firmy: kwalifikowany podpis/pieczęć (z NIP-em) pełni rolę elektronicznego „dowodu firmowego”. Jest uznawany jak tradycyjna pieczęć i gwarantuje jednoznaczną identyfikację przedsiębiorstwa w obrocie gospodarczym

Podsumowując, certyfikat kwalifikowany (np. e-pieczęć firmowa) to praktycznie jedyny środek dający pełną cyfrową tożsamość firmy w KSeF. Dlatego warto z niego od razu skorzystać – pozwala ominąć zbędne formalności, zapewnia najwyższy poziom ochrony i bezproblemową automatyzację fakturowania.