Krajowy System e-Faktur wymaga potwierdzenia tożsamości użytkownika lub firmy. Osoby fizyczne (właściciele JDG, księgowi czy pracownicy) mogą logować się m.in. kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub Profilem Zaufanym, a od 1.02.2026 także specjalnym certyfikatem KSeF. Profil Zaufany jest wygodny i bezpłatny, lecz dostępny tylko w oficjalnych aplikacjach MF (np. Aplikacja Podatnika) – w systemach ERP i programach księgowych nadal potrzebny jest podpis kwalifikowany lub token. Od 1.04.2026 planowane jest też logowanie przez węzeł krajowy (mObywatel/e-Dowód), jednak i tutaj podmiotowi (firmie) rekomenduje się potwierdzić tożsamość za pomocą kwalifikowanej pieczęci elektronicznej z NIP-em.

Profil Zaufany i e-Dowód – ograniczenia

Profil Zaufany (PZ) jest prosty w obsłudze, ale działa tylko w oficjalnych systemach państwowych.
Jeśli więc fakturowanie prowadzone jest z poziomu zewnętrznego programu (ERP/księgowego), PZ nie wystarczy – potrzebny będzie kwalifikowany podpis lub certyfikat. Z kolei e-Dowód (logowanie mObywatel) ma być dopiero dostępny od kwietnia 2026. Oznacza to, że w bieżącej praktyce główne opcje to kwalifikowany podpis elektroniczny lub e-pieczęć (podmiotowa pieczęć firmowa). To one zapewniają pełne uwierzytelnienie tożsamości w systemie KSeF – bez względu na rodzaj używanego oprogramowania.

ZAW-FA – procedura biurokratyczna

Jeżeli firma nie korzysta od początku z kwalifikowanej e-pieczęci, musi złożyć w US formularz ZAW-FA, wskazujący osobę do obsługi KSeF. Dopóki ZAW-FA nie zostanie rozpatrzone, logowanie i praca w KSeF są ograniczone. Ten proces może trwać (w zależności od formy złożenia) od kilku dni do tygodni, a każdy nowy sygnatariusz wymaga osobnego zgłoszenia. Posiadając kwalifikowaną e-pieczęć albo certyfikat KSeF od razu uzyskujesz pełne, właścicielskie prawa dostępu – bez wizyty w urzędzie. Dzięki temu można też swobodnie zarządzać uprawnieniami pracowników wewnątrz panelu KSeF, bez kolejnych ZAW-FA.

Główne zalety certyfikatu kwalifikowanego

• Natychmiastowa gotowość: certyfikat kwalifikowany (podpis lub pieczęć) działa od razu, bez konieczności oczekiwania na rozpatrzenie przez US.
• Najwyższe bezpieczeństwo: certyfikaty te są wydawane przez zaufanych dostawców i obsługiwane przez bezpieczne urządzenia QSCD. Klucze prywatne są przechowywane w zabezpieczonym module, co zapewnia pełną ochronę podpisu/pieczęci.
• Automatyzacja integracji: logowanie kwalifikowanym certyfikatem pozwala na bezpośrednią komunikację z API KSeF. Dzięki temu system księgowy może samodzielnie wystawiać i przesyłać faktury e‑faktur do KSeF.
• Pełne zarządzanie dostępami: każda zmiana osób uprawnionych do fakturowania odbywa się elektronicznie w systemie KSeF. Nie trzeba ponownie składać ZAW-FA przy zmianie kadry – wystarczy nadać lub odebrać uprawnienia w aplikacji KSeF.
• Cyfrowa tożsamość firmy: kwalifikowany podpis/pieczęć (z NIP-em) pełni rolę elektronicznego „dowodu firmowego”. Jest uznawany jak tradycyjna pieczęć i gwarantuje jednoznaczną identyfikację przedsiębiorstwa w obrocie gospodarczym

Podsumowując, certyfikat kwalifikowany (np. e-pieczęć firmowa) to praktycznie jedyny środek dający pełną cyfrową tożsamość firmy w KSeF. Dlatego warto z niego od razu skorzystać – pozwala ominąć zbędne formalności, zapewnia najwyższy poziom ochrony i bezproblemową automatyzację fakturowania.